אלפי מוסדות חינוך ב"חינוך הפטור" וב"מוכר שאינו רשמי" (רובם חרדיים) מקבלים מימון חלקי — 55% או 75% מעלות תלמיד — גם ללא לימוד מלא של תוכנית הליבה. לפי מבקר המדינה (2020), כ-84% מהבנים בעל-יסודי החרדי למדו במוסדות ללא ליבה כלל. הנושא הוביל לעתירות בג"ץ ולהקפאת למעלה ממיליארד ש"ח בכספים קואליציוניים (דצמבר 2025–מאי 2026). המחלוקת: האם המימון צריך להיות מותנה בעמידה בתוכנית הליבה — ובאיזה קצב.