עלות פרויקט המטרו לגוש דן מוערכת ביותר מ-177 מיליארד ש"ח, כשלפי החוק 50% ימומנו מתקציב המדינה ו-50% בעיקר מהיטל השבחה על נכסים סמוך לתחנות. מבקר המדינה הזהיר משלושה סיכונים כספיים מרכזיים בפרויקט המתנהל, לפי הביקורת, ללא גורם מתכלל; קבלנים עתרו לבג"ץ נגד ההיטל כמס המבוסס על תוכנית שטרם אושרה. המחלוקת האמיתית: לשמר את מבנה המימון, להגדיל את חלק המדינה, לצמצם את הפרויקט, או לעצב מחדש את ההיטל.
האומדן נקבע בחוק ב-150 מיליארד ש"ח במחירי 2021 — הפער מ-177 מיליארד ש"ח נובע מהצמדה, לא משינוי בהיקף הפרויקט עצמו.